在结束非全日制大学学业后，毕业档案的保管方式与全日制大学毕业生大致相同。为了确保档案的正当处理，特提供以下专业指导和建议：

1. 密封与盖章：若毕业档案尚未进行正式密封，毕业生应主动与毕业院校取得联系，以便完成密封及盖章手续。

2. 档案归置：非全日制教育背景的毕业生，其档案需与全日制统招学历档案整合保管。可考虑存放于以下机构：
- 人才开发中心或档案馆：此类机构支持存放统招及非全日制教育档案，并提供档案的查询、交流及利用服务。
- 具备档案保管权限的机构：例如国有企业、的事业单位等，这些单位通常设有人事档案管理系统，可实现非全日制档案与人事档案的整合保管。

3. 档案传递：个人不得直接将档案携带至人才开发中心，而应通过机要通信方式，采用公对公转递模式，确保档案安全送达人才开发中心。

4. 档案激活：若毕业生所有的学历档案未存放在人才开发中心，需首先激活档案，并完成档案存档的相关手续。

5. 咨询专业机构：对于存档流程不甚了解的毕业生，建议联系专业的档案服务机构以获得必要帮助。这些机构能提供专业服务，协助解决问题。

总结而言，非全日制大学毕业生的档案应与全日制统招学历档案整合，并选择适当的机构进行存放与管理。及时执行档案存档手续对维护档案安全与完整性至关重要。